现在人们讲医经之祖，为《黄帝内经》。需要说明的是，《内经》托名黄帝，但和黄帝没什么关系，—也不能说一点关系没有，黄帝神话，是战国人编出来的，《内经》中最早的篇章，也是战国时人写的。我们见到的《内经》，是一本论文集，定型成书，大概在东汉，收入的文章，有战国人写的，也有汉人写的，还有一部分内容，是后人掺入，成篇就更晚些。中医学理论，这本书是奠基之作，它建立的天人模型，在中医学里面，是无法撼动的。
《内经》分两大部分，一部分是《素问》，一部分是《灵枢》。其实，我们还可以把《内经》用另外的办法，分为两部分，一部分是经验医学，一部分是哲学。
《内经》提到，古人身体好，活到一百岁，其实，上古之人的平均寿命，至多在三四十岁。有了外伤内患，一点办法也没有，晚至殷商，国王武丁得了眼病，无术可治，只好去占卜，普通人则只能忍受痛苦。在成千上万年里，人们一点点积累起些药物知识，是多么的不容易，因为每一种药物的发现，几乎都是在绝望的驱使下，如非走投无路，谁会去尝试那些味道可怕的矿物和草茎呢？
经历了千辛万苦，古代经验医学终于小有规模，刚摆脱了巫师，又吸引来了哲学家。哲学家注意到医学的成就，迫不及待地赋予它一种理论。《内经》在后代的价值，和在汉代是不一样的；在后代，人们更重视它的理论，至于里边那些经验医学的内容，具体的针法和方剂，倒鲜见沿袭。而在当时，一本医书的价值，还在于它提供了多少治病的手段。马王堆出土的《五十二病方》、《十一脉灸经》等，比《内经》是更典型的时代医书。
我读《内经》，读到经验医学的内容，虽然不大懂，却很佩服，因为那是在两千年前呀；读到哲学的部分，特别是《素问》中那些大段的哲学讲义，只好皱眉，因为在这里看到的，是哲学对医学的入侵，先验对实证的干扰，冥想对观察的蔑视。鲁迅批评中医不讲解剖，一针见血，两千年里，中医学有了丰富的药物知识，也发展了诊断术，但解剖学知识的积累，无法恭维，—《内经》医学离人的生理有多远，后世医学就有多远，而实际上，在有些方面，是更远了，比如汉代医生讲的经脉，虽然未必尽合，却意指一种实际的循环系统，后人讲的经脉，其生理意义就大大地淡薄了。
解剖学之所以重要，因为它标志着是否采取实证的方法，是否分析，是否验证，是否对事物的实际面貌有兴趣。古代医学，在全世界的各个地方，包括中国、欧洲、印度，本质上相差不大，在这里面，中医学还是最发达的。而现代医学，实际上并不是从古代医学内部发展出来的，尽管它在解决同样的问题。在古典哲学压迫下的古典医学，早已没有了依靠自身的力量发展为一种实证知识体系的可能。