尽管南明已经没有了大明王朝的领土，但是仍旧算是一个小国，既然是国，那就不能没有君主，可是摆在这些南明大臣们面前的，却是一个难题，一个大大的难题——立谁为王？
崇祯皇帝的三个儿子都没有逃出北京城，按照祖制，只能拥立藩王，此时属于明神宗直系子孙的一共有四个人——福王、惠王、瑞王和桂王，然而后面三位藩王并不在南京，而是处于比较偏远的西南地区，剩下的人选只有福王朱由菘和旁系的侄子路王朱常芳。
阉党阮大铖与凤阳总督马士英密谋此事，阮大铖建议立福王朱由崧。其实福王绝对不是一个做皇帝的好人选，他这个人比较昏庸，而且耳根子软，可在阮大铖、马士英心中，只有这样的人选才是最好控制的。尽管在明朝，宦官拥有很大的权力，但是只有他们两个人是不够的，这可怎么办呢？他们两个找来了一些颇具实力的帮手，总兵黄得功、刘良佐、高杰、刘泽清等人，在南明之中，算是比较有话语权的大臣，由他们出面，来拥立福王。
就在他们以为福王能够掌握大权的时候，兵部侍郎史可法站出来，他铿锵有力地提出了自己的反对理由，说福王有七不可——贪、淫、酗酒、不孝、虞下、不读书、干预有司。这句话的杀伤力太大了，简直就是把福王形容成一个只会误国误民的昏君。
不过史可法的这句评价一点错都没有，只是他说了却没有起到预期的作用，由于福王朱由崧被马士英等人早早迎入南京，史可法与高弘图无奈，也只得加入了奉迎的行列。南明控制的区域，东自黄河下游以南，西迄武昌长江以南，其物力、财赋、人力也比清廷所控制地区雄厚。当时南明设江北四镇，共拥兵三十万。武昌的宁甫侯左良玉，拥兵二十万。
福王继位后，组成了东林党和阉党混合的内阁，阉党因为拥戴有功，掌握朝廷权力，竭力排挤、打击东林党人，史可法受排挤，离开南京，督师扬州，高弘图被迫辞职。阮大铖入朝后，任兵部尚书，借“顺案“之名，恢复了特务机构东厂，处死了东林党和复社人士。史可法曾上书要求给士兵加饷，然而马士英却将奏折扣下，将史可法的士兵的薪水全扣了下来。当时众将怂恿史可法反南京，以“清君侧“为名，将马士英杀掉，但史可法以大局着想，没有同意。朱由崧在政治上毫无作为，生活上荒淫透顶。
皇帝如此，大臣们也不逊色。将领们一样只知道吃喝玩乐，对目前的现状毫无了解。江北四镇中，二刘之兵皆“虚夸不中用“，唯高杰的士兵战斗力强。高杰凶悍桀骜，却毅然拒绝清肃王“大者王，小者侯，世世茅土“的诱降，疏请以己重兵驻归德，冒大雪，沿黄河筑墙，专力防御清兵，并联络河南睢州总兵许定国“以奠中原“。不料许定国暗通清兵，设计于酒后谋害了高杰，渡河降清，并引清兵至仪封。就在清兵迅速南下、形势危急之际，拥有数十万重兵、镇守武昌的左良玉，发兵南下，要“清君侧“、“除马阮“。马士英却公然提出：“宁可君臣皆死于大清，不可死于左良玉之手“。当时有人抗言：“淮扬最急，应亟防御。“马士英命令“有议守淮者斩“，朝议之后，竟诏史可法尽撤江防之兵以防左。史可法扼守扬州，以身殉国。他的顽强抵抗招致清兵的“扬州十日“大屠杀。