例如，在第二次进入长安的时候，在关键的时刻，流氓出身的驻守同州的朱温叛变投敌。这样一来，长安东北门户被打开了，形势更加严峻。而投降黄巢的凤翔节度使郑眥是一个两面派，他在表面上归顺了黄巢，暗地里又挖战壕、筑工事，准备伺机反扑。还有黄巢的太尉兼中书令尚让在关键时刻投降了时溥。
关于黄巢的结局，千年来众说纷纭。最令人疑惑的是，在记述唐代的正史中就有截然不同的两种说法。一说黄巢是被他人所杀，另一个却说是自刎而死。
《旧唐书·黄巢传》中对于黄巢之死有如下记载：“巢将林言斩巢及二弟邺、揆等七人首，并妻子皆送徐州。“不仅如此，《旧唐书》的《僖宗纪》《时溥传》和《资治通鉴》《桂苑笔耕录》《北梦琐言》等其他书籍也都有着同样的记载。
难道黄巢不是自杀，而是死于外甥林言之手？
林言是黄巢的外甥，是黄巢身边一名重要将领。在黄巢进入长安之后，曾经选择500个武艺高强的人组成了一个特殊的部队，叫做控鹤。实际上就是禁卫队，并且黄巢任命林言为这支部队的最高指挥官——军使。
《新唐书·黄巢传》记载，黄巢兵败狼虎谷时对外甥林言说，你拿上我的首级去献给唐朝，那么你还可以求得富贵！林言不忍心杀黄巢，于是黄巢自刎。
《新唐书》成书于宋代。而在这部书之前的五代时期就曾有《唐书》编成，后世为了加以区别，把五代时期编撰的《唐书》称为《旧唐书》，而将宋代欧阳修、宋祁等人所编撰的这部称为《新唐书》。
专家介绍，《新唐书》修撰的时代较为安宁，因此有许多在战乱时期不易收集到的史料，此时得到了征集和整理。
有传说，黄巢是被贴身大将所杀。
1900年，王道士偶然发现了一个秘密洞窟。这个石窟就是敦煌莫高窟。令唐史学家没有想到的是，在敦煌残卷中竟然透露出了黄巢死因的蛛丝马迹。
敦煌文书里有一件《肃州报告黄巢战败等情况残卷》，写道：“其草贼黄巢被尚让杀却，于西川进头。“公元884年五月，黄巢在今河南中牟西，遭沙陀骑兵突袭，牺牲万余人。在此危急关头，尚让却率万人投降唐廷。
有推测，尚让很可能在混战之中将黄巢杀死。这个战报被立即飞报朝廷和作战军队，这一情节就被记载在《肃州报告黄巢战败等情况残卷》中。
唐代学者崔致远所著的《桂苑笔耕录》中记载的信息说明，唐将时溥引诱黄巢起义军当中投降的将领把黄巢杀死。
令人疑惑的是，如果当时有人杀死黄巢，必定立下大功。即便是作为帮凶，其名字也会名扬四海，并为各种史书所记载。但关于尚让杀黄巢的说法，在迄今发现的史料中记载的只有一处。