另一方面，卢植也与张角打了几场恶战，张角损失了万多人，于是撤退到广宗固守，卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，马上就能攻下城池。正好汉灵帝派左丰（东汉宦官）视察军情，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不愿意，结果左丰就向灵帝诬告卢植作战不力。汉灵帝一听大怒，让人把卢植抓回京，接着下诏重新调整战略：皇甫嵩北上东郡；朱儁则攻南阳的赵弘；而以董卓代替卢植。
朱儁与荆州刺史徐璆及南阳太守秦颉共率一万八千兵围攻赵弘，但从六月打到八月，也没有能攻克，京师有人上奏议要把朱儁调回来，但太尉张温反对，汉灵帝才作罢。得到这个消息的朱儁着急了，下令急攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠继任。但朱儁兵力实在太少，于是解散城围，建筑阵垒，堆砌土山，面对城内，鸣鼓呐喊，摆出进攻城西南的态势。黄巾军被引开，朱儁则亲率五千精兵掩杀东北，偷袭敌人后方，攻入城池，韩忠唯有退守小城。韩忠打了败仗，就想投降，但朱儁不接受，他认为如接受的话，会给百姓“有利为贼，无利乞降“的错误观念。但打了几战也没能打败，朱儁登上土山查望黄巾军营，突然明白黄巾军没有退路，求降不得只能尽力一战，所以未能攻克。于是朱儁围三缺一，韩忠果然偷跑，朱儁随后追杀数十里，斩杀万多人，韩忠投降被杀。这导致余下的黄巾军更不会投降，又推孙夏为帅屯兵宛中。朱儁再次进攻，孙夏败走，汉军追至西鄂精山，斩杀孙夏及数万人，黄巾军解散，宛城一带也就此平定。
皇甫嵩在八月到达东郡，大破黄巾军，斩杀七千多人。这时，张角占据广宗，控制河北腹地，卢植为宦官所诬，被召回，而董卓进攻张角不利，汉灵帝便让皇甫嵩继续北上。在这紧要关头，张角病死。张梁继任首领，皇甫嵩进攻广宗，没能得手。第二天，皇甫嵩闭营与士兵休息，同时派人观察敌军举动，黄巾军于是放松警惕，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时分突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，逃走到河堤时溺死的有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被“破棺戮尸，传首京师“。十一月，皇甫嵩与巨鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人，黄巾之乱平息。
战事虽被平息，但这对汉室威信是一次严重的打击。然而，汉灵帝完全没有接受教训，照样享乐、卖官。于是各地因此不断发生小型叛乱，如黑山、白波、黄龙、左校、牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力小的有数千人，势力大的甚至有百万人，如张燕的黑山贼。
公元188年，黄巾军又进行了一次较大的起义，太原郡、河东郡、汝南郡几乎全部失陷，青州、徐州的黄巾军也死灰复燃。为了镇压平乱，汉灵帝接受太常刘焉的建议，把部分刺史改为州牧，由宗室或重臣担任，拥有地方军、政之权，以便加强地方政权的实力，更易控制地方，有效进剿黄巾余部。这一次权力的下放，助长地方军阀拥兵自重，互相攻击，逐鹿中原，甚至东汉皇帝也成了军阀手中的玩物。所以黄巾民变是促使东汉灭亡的导火线，也是三国时代的序幕。
董卓逆行倒施