杨应龙借机上书表白，自己本不想叛乱，无奈受奸人陷害，事至于此，实非本意。最终，双方达成妥协，杨应龙次子杨可栋被羁押重庆以做人质，可叹的是，杨可栋在重庆被害。这件事对杨应龙的打击很大，他痛心之极，随后又反，散金厚抚诸苗，决心死战。
讨伐杨应龙的战争进行得非常艰苦，历经8个年头，集8省（当时只有13个省）20余万兵力，万历二十八年（1600年），总督湖广、川、贵军务兼巡抚的李化龙率领几十万大军才彻底剿灭了杨应龙。讨伐杨应龙与平定哱拜、援朝抗倭被史学界称为 “万历三大征”，也是中国历史上最重要的100次战争之一，对中国西南历史的发展影响深远。平播胜利意味着播州土司的解体，这是朝廷的意志，也是地方行省不断壮大的需要，更是推行改土归流政策必然的结果。
战后播州被一分为二，“属蜀者曰遵义府，属黔者为平越府”，完全满足了流官们的愿望。播州杨家将既是四川、贵州两省利益分割争斗中的牺牲者，也是外来势力急于吞噬、抢占土著资源的政治牺牲品。到这个时候，明代显赫一时、称霸一方的播州杨氏家族随着播州行政制度的改土归流而没落，“杨家将”说唱曲艺、讲史小说随之又发生了一场裂变。
平播之战结束之后不过两年，一部6卷本100回的说唱小说《征播奏捷传通俗演义》应运而生，其紧跟形势之快，令人咋舌，播州杨家将的基调发生了一百八十度的大转弯。
《北宋志传》的首刻本出现在万历二十一年，正是朝廷决定对播州用兵的那一年，小说被删改得有些不能自圆其说。《杨家府演义》则是在播州平叛结束之后出版的。《征播奏捷传》的快速出笼与杨家将小说的集中出版，说明了这样一个事实，那些书坊此前印行的带有褒扬播州杨氏内容的小说，因为播州事发，在政府的干预下，不得不紧急改版重刻。
播州杨家将既已成为朝廷的反臣，那些为其歌功颂德的小说及其他作品当然就不再合于时宜，当然要受到朝廷的清剿。没有人敢私藏，或者尽管有胆大包天者，但历经岁月沧桑，无法传得更为久远，所以今天再也见不到了。
杨文广征南的故事，很可能在旧小说中已按照宋廉的《杨氏家传》，直接讲述杨充广至播州与杨昭通谱传脉的故事，所以万历重刻的版本都将故事截断在西夏被征服的时候，仓促了结。《杨家府演义》中所谓征新罗国的故事，在原小说中很可能就是播州的杨文广或某代土司的事迹，为了避讳，作者进行了编改，将“十二寡妇征西”与播州杨氏征西番罗氏鬼国的故事整合到一起，这也就是为什么会冒出一个西夏新罗国的原因。
《杨家府演义》虽然删改了正面颂扬播州杨家将的地方，但内中却多有曲笔。这部书强调杨家将世代忠勇，却屡被奸臣陷害，结尾是杨家将不堪奸臣诬陷，怒杀奸臣张茂之后举家逃归太行山。作者在这里隐晦地为播州杨氏喊冤，对应的史实是杨应龙被妻叔张时照所告谋反，书中的奸臣张茂正是张时照的谐音。