次年任礼部尚书兼东阁大学士，入参机务，仍掌兵部。十二年五月张献忠谷城再起，各地农民起义烈火复燃，崇祯帝命杨嗣昌督师，击张献忠于太平县玛瑙山（今四川万源县），大破之，斩3600余人，坠谷死者无算。十四年正月，李自成陷洛阳，杀福王朱常洵。二月张献忠袭襄阳，杀襄王朱翊铭，朝野震惊。杨嗣昌大恸曰：无面目见上，遂服毒死，年54岁。
孙传庭——崇祯九年擢为右佥都御史，巡抚陕西，擒杀闯王高迎祥。十一年捕杀农民军2000余人，与洪承畴合击李自成，李自成全军覆没，仅以18骑突围。陕西境内的农民军被镇压。再率部入河南，大败十三家。八月清兵入长城，奉召主持京师防守，升兵部右侍郎，指挥各路援军。
孙传庭请见皇帝，因杨嗣昌阻挠而未成。孙传庭引病告休，崇祯怒而囚之。十五年再度起用为兵部右侍郎。
五月李自成与罗汝才合兵西进，孙传庭战败。崇祯十六年授兵部尚书，并加督七省军务，在潼关战死，年51岁。
卢象升——崇祯九年九月迁兵部左侍郎，总督宣大、山西军务。
十一年冬，清军南攻。与清军多次作战，屡战屡胜。一意主和的杨嗣昌不但不报，反而诬卢象升按兵不动，并断绝了他的给养。
卢象升率领不到5000人的部队在没有粮草的情况下与清军作战，陷入重围。激战终日，力竭阵亡，年仅39岁。后追赠兵部尚书，谥忠肃。有《卢忠肃公集》。
曹变蛟——曹文诏侄，生年不详。文诏死，曹变蛟被洪承畴荐为副总兵，因击杀高迎祥升为总督佥事、临洮总兵官。
后于潼关击败李自成，再晋左都督。后随同洪承畴入京师，屯遵化，用为东协总兵官。崇祯十三年清兵南侵，五月从洪承畴出关，驻宁远，大战清兵，屡获胜利。后被清军偷袭屯粮之所，辎重尽失，粮道被断，因此连吃败仗，大同总兵王朴、山海关总兵马科、宁远总兵吴三桂、山西总兵李辅明相继逃跑，只有曹变蛟、王廷臣两镇之兵坚守不动。半年后，副将夏成德做内应，松山被攻克。清军诱降，曹变蛟、王廷臣和辽东巡抚邱民仰以及参将以下百余人持节不屈，全部壮烈殉国。
左良玉——在陕西、河北、河南三省围剿农民军的过程中有胜有负。崇祯十一年大败张献忠，并挥刀击中献忠。
十三年，杨嗣昌拜左良玉为平贼将军，在川陕交界的平利重挫张献忠，加太子少保。十七年封宁南伯，北京城破，崇祯自缢，左良玉尽出私财二三万，散给诸将，稳住军心。福王立，晋宁南侯，拥兵80万，成为南明重要屏蔽。弘光元年以“奉太子传国密诏清君侧”为名，传檄讨马士英，被黄得功击败。四月至九江，已是久病之躯，江督袁继咸责以大义，良玉大哭曰“予负袁公！”呕血数升而死，时年47岁。其子左梦庚拘袁继咸，降清。袁继咸为清兵所执，不屈身死。