天亮的时候，清兵攻入桂林城。投降清军的定南王孔有德直冲帅府，看抓住了瞿式耜，非常高兴。他不认得张同敞，就问此人是谁。结果张同敞开口一篇长篇大论，把孔有德卖祖求荣骂得狗血喷头。孔有德恼羞成怒，当时命人打断了张同敞的双臂，并挖掉了张同敞的一只眼睛。可张同敞依然怒骂不止，当孔有德知道这就是张居正那位有名的曾孙后，也不敢下手了。他把瞿式耜和张同敞下在大牢里，想把他们劝降，这两个人若是能降，下面的仗就不用打了。
可惜他算盘虽然打得好，但根本就是找错了人。这两人要是肯降，还会在风雨之夜独守一座空城吗？
张同敞和瞿式耜被关在狱中，两个人的牢房只隔一堵墙，两个人就彼此谈笑吟诗，互相鼓励。张同敞的《自诀诗》序里说：“被刑一月，两臂俱折。忽于此日，右手微动，左臂不可伸矣。历三日，书得三诗，右臂复痛不可忍；此其为绝笔乎？”
那意思是说，在被关押的一个月里，因为受刑，两臂都折断了。有一天忽然右手可以微微动弹，但左手一点都不可以动，就凭着这只可以微微动弹的右手，他写了三首诗。因为右手只是能微微动弹，他这三首诗整整写了三天。等到写完这三首诗，右手再也不能动了，同敞知道，这大概就是自己的绝笔作了。
我们来看其中的一首说：
“弥月悲歌待此时，成仁取义有天知！衣冠不改生前制，名姓空留死后诗。破碎山河休葬骨，颠连君父未舒眉。魂兮懒指归乡路，直往诸陵拜旧碑。”
这诗是说自己要杀身成仁，舍身取义了，而自己生是大明的人，死是大明的鬼，如今山河破碎，国破家亡，也无所谓什么死后安葬，入土为安，就算是我的魂魄，在我死后也不会只想着回到家乡去，而是要像我的祖先张居正一样，到我大明的历代皇陵那里去拜谒。以此来告诉世人，大明虽亡，但张居正的子孙自有代代忠骨，浩气长存！
孔有德读了张同敞和瞿式耜的诗，知道劝降根本没有希望，又怕夜长梦多，所以决定杀掉二人。
行刑的那天，据说张同敞坚决不肯跪着受刑，他就站着那看着刽子手，脸上没有丝毫的惧色。据说他的头被砍掉之后，他的身子却屹立不倒，刽子手上前推推，可他的身躯却还是屹立不倒。当时，孔有德和在场的清兵都吓坏了，大家不由自主地给张同敞血淋淋的身体跪下来，“砰、砰、砰”磕了几十个响头，那尸体才砰然倒地。
逃到南宁的永历帝听说了这件事后，悲痛异常，他下令朝廷上下拜祭瞿、张二人。尤其对于张同敞，永历帝念其临终时还没有子嗣，特地赠封其为江陵伯。据说有一段时间，他每天拿着张同敞和瞿式耜的绝命诗翻来覆去地读，边读边流着泪说：“国无江陵！国无江陵！”
我们知道，明人会以出生地来称呼一个人，但某个地名特指某位名人之后，这个地名一般不再专指其他人，这在古籍的写作中也算是种潜规则的笔法。在明代，能称张江陵的只有张居正，而此时永历封张同敞为江陵伯，还哀叹“国无江陵”，那到底是单指的张同敞还是也兼指张居正呢？