卫元嵩开篇洋洋洒洒，摆事实讲道理，阐明佛教的症结所在：“尧舜的时候没有佛教，国家却很安定：南朝齐、梁修了许多寺庙，借此教化民众，到头来亡了国。事实说明，民众不会因为修了寺庙就不造反，国家也不会因为信奉佛法就永远安定。佛教的本意是大慈大悲，使一切众生得到安乐，而绝不是要以苦难奴役黎民百姓。现在的佛教徒呢，为了表明虔诚，大兴土木，劳民伤财，分明违反佛教精神，却说是事佛，哪里讲得通呢？”他认为应当改造佛教，以儒家学说为中心，融会儒、道、佛三教的观点。
周武帝十分赞同，命卫元嵩还俗，又对他的思想大力推广。天和四年（公元569年），北周朝廷开展了一场三教优劣的大讨论。一派以道士张宾为代表，要求立即废除佛教，宣扬道、儒学说；另一派以司隶大夫甄鸾和僧人道安为代表，撰写理论著作，批驳道教更不是东西。两派争得不可开交，周武帝虽有意压制佛教，但把持朝政的宇文护却偏袒僧人，三教的次序没有确定下来。
建德二年（公元573年），宇文护已被诛杀，武帝再次召集儒生、道士、名僧进行辩论。他打算利用权威，强行定下儒教为先、道教其次、佛教为后的三教次序，但佛教团队实力强劲，派出多位名僧，极力诋毁道教。僧人的口才果然厉害，儒生、道士连续几轮的对抗都败下阵来，最后辩论只好不了了之。
周武帝是不会轻言放弃的，建德三年五月，武帝第三次组织三教辩论大会。会上佛道两教的斗争达到白热化，武帝不惜以皇帝之尊，加入辩论，指斥佛教的不净观。高僧智炫反唇相讥：“道教的理论更为不净！”一句话把道士们的气焰给压下去了，场面陷入了僵局。
就在这时，武帝忽然被点醒了。他看清了僧人们的伎俩，是想以道教为要挟，阻挠武帝对佛教的处置，你说我佛教不好，道教更烂更丑陋！
周武帝岂能被几个僧人要挟？既然道教比佛教有更多的丑行，那就两家一网打尽。武帝下诏，禁止佛、道两教，经像全部捣毁，僧侣、道士强制还俗为民。继而，武帝又设立信道观，招纳儒、道、佛各界的学者，从事三教合一的理论研究（与梁武帝的“三教同源”学说不同，周武帝的三教合一，是要以儒家学说为核心，以其他宗教学术为补充）。佛教几乎一瞬问在北周境内灰飞烟灭，这就是“三武一宗灭佛”事件的第二桩——周武灭佛。
周武帝灭佛，与中国历史上其他几次灭佛相比，特别是与一百三十年前的太武灭佛相比，有几个显著的特点：
第一，只破坏了佛经、佛像，没有毁坏佛寺，更没有像魏太武帝那样大杀僧侣，因此严格而言应叫“禁佛”，而非“灭佛”。一般僧众还俗，有学识的高僧则进入信道观工作（相当于由“研究僧”转为“研究生”），手法比较和缓，影响也不那么恶劣。