晋军来到长安北面的渭桥，迅速上岸，渭水湍急，舟船很快没了踪影，此时姚泓的守军还有几万人。王镇恶说：“我们的家小都在江南，这里是长安北门，离家乡万里之遥，舟楫、衣粮都已随流而去。现在打赢了仗，大家都有了功名，赢不了，连骨骸也回不去了，大家好好努力吧！”王镇恶亲率大军，大败后秦姚丕的守军，姚泓的军队也不战自溃。
姚泓准备投降，连他十一岁的儿子姚佛念都明白刘裕的意图，对他说投降也难保全，不如自决。姚泓下不了决心，姚佛念就从宫殿的墙楼上跳下自尽。没有勇气自杀的姚泓，带着妻儿、群臣，来到王镇恶面前投降，最后和慕容超获得同样的下场，而他投降前后的表现，还不及慕容超的一半。
刘裕将向他投降的后秦宗族，一并杀掉，把本已不牢靠的北方民心，几乎丢完。剩下的后秦大族，以及曾在东晋和他争权的司马休之、桓氏后人，都投奔了拓跋北魏。如崔浩所说，南北中国在当时的巨大差异，即令刘裕有过人之处，也难以用武力改变哪怕一点。于是刘裕的英雄传奇，基本到此为止。那个早已谋划好攻取长安的赫连勃勃，正在精心安排着接手长安。
赫连勃勃以坐山观虎斗的姿态观望着刘裕伐秦，他得意地对群臣说：“刘裕肯定能灭秦。但刘裕不能久留，必定会撤军，而只留下子弟和部将镇守关中。到时朕再出手，得关中如取草芥。”
他厉兵秣马，进据安定。刘裕派人与他通好，结为兄弟，他叫自己的中书侍郎皇甫徽专门拟了份文辞不错的回信，暗自背下，当着东晋使者的面口授成文。刘裕被他的小小伎俩蒙过，直叹：“吾所不如也！”
刘裕在长安做了长期打算，想慢慢收拾西北的局面，然而这时他的亲信，留守朝廷的尚书左仆射刘穆之病故，北伐将士日久思归，刘裕生怕政权旁落他人之手，果如赫连勃勃所说，留下十二岁（！）的儿子刘义真镇守长安，王修、王镇恶等率兵辅佐，自己则领兵匆匆赶回建康，去接受相国、宋公的爵位。
他走后一个月，东晋留守军中功劳最大的王镇恶和沈田子便彼此相攻。先是沈田子散布王镇恶本是北方人，要尽杀南方的士兵，将王镇恶诱杀，接着王修又除掉了沈田子。
赫连勃勃的军队此时已经南下，年幼的刘义真又听信与王修不和的部下的谮言，将王修也杀死，晋军便不再挡得住夏军的进攻。赫连勃勃采纳军师王买德的计谋，以小股兵力切断晋军南退的道路，然后出兵直逼长安。刘裕派出大将召刘义真撤回，晋军没了战心，在青泥被夏军大败，刘义真仅得单骑逃遁。
赫连勃勃进据长安，在灞上筑坛，即皇帝位，改元昌武。随后，他拒绝了大臣们以长安为都城的建议，返回统万。这位狂暴的皇帝，在统万修造庞大的宫殿，并分别命名南门为朝宋门，东门为招魏门，西门为服凉门，北门为平朔门。
得知长安失守后信誓旦旦要兴兵北伐的刘裕，则在看到自己的儿子安全归来后，完全放弃了这一打算。他首先关心的，是个人的功名，而非天下的统一。他所能做出的反应，第一件是站在建康城头望着北方痛哭一场；第二件，就是毒杀晋安帝，改立其弟司马德文（晋恭帝），进而顺利使恭帝禅让帝位于己，摇身一变而成为宋武帝。（在这一点上，刘裕的小聪明比之前的曹操、司马懿，就要差许多。）