这场和谈始于以、巴学术界的非正式和谈。他们曾多次在被视为中立地区的美侨区、伦敦、奥斯陆举行会议。和谈之初，外交部长西蒙·佩雷斯和他的副手约西·贝林（Yossi Beilin）并没有让拉宾得知此事。直到1993年，他们才向拉宾报告了他们与巴勒斯坦人的和谈，拉宾对此表示了支持。9月13日，在克林顿总统的见证下，拉宾和佩雷斯在白宫与阿拉法特签订了协议。约旦河西岸和加沙部分移交给一个巴勒斯坦权力机构，该机构借用侯赛尼的老宅邸“东方之家”作为其耶路撒冷总部，由这座城市最受人尊敬的巴勒斯坦人——那个1948年英雄的儿子费萨尔·侯赛尼[3]管理。拉宾和约旦的侯赛因国王签订了一项和平协议，确认由侯赛因国王担任耶路撒冷伊斯兰圣所的监护人，这个角色至今仍由哈希姆家族成员扮演。以色列和巴勒斯坦的考古学家通过谈判达成了学术领域的和睦，并且热情地开始了他们的首次合作。
耶路撒冷难题被搁置到以后的谈判中，在达成一致前，拉宾加紧了耶路撒冷定居点的建设。贝林和阿拉法特的副手马哈茂德·阿巴斯（Mahmoud Abbas）商谈后提出，在一个统一的市政管理下，将耶路撒冷划分成阿拉伯区和犹太区，并给予老城几乎和中东的梵蒂冈市类似的“特殊地位”，但是双方并未签署任何协议。
《奥斯陆协议》可能留下了太多悬而未决的细节问题，而且双方都对这个协议表示了激烈反对。八十二岁的市长科勒克在选举中被获得民族主义者和极端正统派支持的更加强硬的埃胡德·奥尔默特打败。1995年11月4日，贝林和阿巴斯在耶路撒冷问题上达成一项非正式谅解之后的第四天，拉宾被一名犹太狂热分子暗杀。出生在耶路撒冷的拉宾被运回耶路撒冷，葬在赫茨尔山上。侯赛因国王发表了一篇悼词，美国总统和两位前总统参加了葬礼。时任埃及总统穆巴拉克首次访问了以色列，威尔士王子也自以色列建国以来对耶路撒冷进行了唯一一次正式的王室访问。
和平局面开始破裂。哈马斯的伊斯兰基要主义者发起一场自杀性爆炸袭击运动，滥杀以色列平民：一名阿拉伯自杀性爆炸袭击者在耶路撒冷的一辆公共汽车上杀死了二十五人；一周后，另一个自杀性爆炸袭击者在同一条公交线路上杀死了十八人。以色列选民因为巴勒斯坦人的暴力怪罪总理佩雷斯，他们推选利库德领导人本雅明·内塔尼亚胡担任总理，口号是“佩雷斯将分裂耶路撒冷”。内塔尼亚胡质疑土地换和平的原则，反对对耶路撒冷进行任何形式的分裂，并批准设立更多定居点。
1996年9月，内塔尼亚胡开通了一条从西墙出发，经圣殿山通向穆斯林区的隧道。[4]当一些以色列激进分子试图向上挖掘圣殿山时，瓦克夫的伊斯兰当局迅速用水泥封住了洞口。谣传隧道挖掘旨在暗地破坏伊斯兰圣地，这一谣言引发了骚乱，动乱中七十五人被杀、一千五百人受伤，这证明在耶路撒冷考古学是值得为之献身的事业。不光以色列人的考古学被政治化，历史也无法逃脱被政治化的命运。巴解组织禁止巴勒斯坦历史学家承认耶路撒冷曾有个犹太圣殿——这项命令来自阿拉法特本人：他是一个世俗的游击队领导人，但与以色列人的情况一样，就连世俗的民族国家叙事也以宗教叙事为基础。1948年，阿拉法特曾与穆斯林兄弟会（他们的武装力量被称为“吉哈德·穆卡达斯”，意为“耶路撒冷圣战军”）并肩作战，他还相信这座城市对伊斯兰教而言有特殊意义：他称法塔赫的武装派别为“阿克萨烈士旅”。阿拉法特的助手承认耶路撒冷是他的“个人迷恋”。他把自己等同于萨拉丁和哈里发欧麦尔，并否认耶路撒冷与犹太人的任何联系。“犹太人对圣殿山施加的压力越大，”巴勒斯坦历史学家纳兹米·朱贝博士说，“巴勒斯坦人就越否认第一圣殿和第二圣殿。”
在骚乱后的紧张日子里，在以色列政府计划在所罗门马厩建造犹太会堂的传言甚嚣尘上之时，以色列人允许瓦克夫清理阿克萨清真寺下的古代过道，然后用推土机挖出一个楼梯，并在希律走廊上新建一座宽敞的地下清真寺——麦尔旺清真寺。珍贵的碎片轻易地被他们抛弃了。以色列考古学家对这种加诸世上最脆弱遗址上的粗鲁的挖掘行动感到震惊，考古学成了宗教信仰和政治之战的牺牲品。[5]
以色列人并未对和平失去信心。2000年7月，克林顿在戴维营的总统寓所内让以色列新总理埃胡德·巴拉克和阿拉法特握手言和。巴拉克大胆地提出一项“最终”协定：将约旦河西岸百分之九十一的土地和东耶路撒冷的所有阿拉伯郊区交给巴勒斯坦人，并同意巴勒斯坦在西岸的阿布迪斯建都。老城仍将处于以色列统治之下，但穆斯林区和基督徒区以及圣殿山则将处在巴勒斯坦人的“主权监护”下。圣殿下面的土地和通道——尤其是圣殿的基石——将仍是以色列人的，而且犹太人首次获准在圣殿山的某个区域祈祷，只是人数有一定限制。老城将由巴以双方联合巡逻，但解除军事管制并向所有人开放。巴拉克已经答应让出老城一半的住宅区，阿拉法特又进一步对亚美尼亚区提出了要求。以色列同意了，最终让出了老城的三个区。尽管沙特向阿拉法特施压，希望他接受这一协议，但阿拉法特认为他既不能就巴勒斯坦人回归权的最终解决方案与以方进行谈判，也不能赞成以色列人对属于所有伊斯兰世界的岩石圆顶清真寺拥有主权。