当王仙芝、黄巢进攻蕲州（今湖北蕲春）时，该州刺史裴偓诱降义军领袖，请唐廷授任王仙芝为左神策军押牙兼监察御史。王仙芝思想有了动摇，欲放弃斗争，接受唐的官职。黄巢大怒，斥责王仙芝说：“始者共立大誓，横行天下，今独取官赴左军，使此五千余众安所归乎！“这时群情激愤，责骂不已，怒不可遏的黄巢出拳把王仙芝打得头破血流。在这场冲突之后，黄巢率领2000人马向北进发，与王仙芝分道扬镳了。
乾符五年（878年）三月，黄巢率军进攻汴、宋二州，唐廷以张自勉充东南面行营招讨使，以阻止义军。黄巢转攻卫南（今河南滑县东北）、叶（河南叶县）、阳翟（河南禹县），唐廷又诏命河阳兵千人开赴东都，与宣武、昭义兵守卫宫阙，还征调义成兵3000人守卫东都附近的伊阙、武牢等地，以增强东都的防御力量。
黄巢见河南一带官军势力强大，难以取胜，而江南则力量相对薄弱；而王仙芝旧将王重隐又攻陷了洪州（今江西南昌），转战于湖南；于是便率军渡江南下，与王重隐部相呼应，接连攻下了虔、吉、饶、信等州。八月，黄巢军进攻宣州，在南陵为官军所败，于是又进入浙东，经婺州至衢州，然后披荆斩棘，开山路700里，攻入福建。同年十二月，义军攻下了福州。
在农民军中曾有“逢儒则肉，师必覆“的传说，其意是遇到儒者则杀，军队必然要覆灭。大概是黄巢屡试进士不第，对儒者颇为同情，因此当农民军进入福建后烧官府、杀官吏，但凡自称为儒者的皆释而不问。当义军经过崇文馆校书郎黄璞门前时即下令说：“此儒者，灭炬弗焚。“
乾符六年（879年）正月，黄巢军遭藩帅高骈部将张璘、梁缵的袭击，一再失利，遂进入广南，包围了广州。在此期间，黄巢曾致书浙东观察使崔璆、岭南东道节度使李迢，求为天平节度使。二人惧怕黄巢威势，极力申奏，但朝廷不许；黄巢自己上书，求为广州节度使，却只授予率府率。
黄巢恼怒，大骂执政，便急攻广州，遂于九月占领了岭南的这个重镇，杀节度使李迢，并进而攻占岭南一些州县。黄巢在广州自称“义军都统“，并发布檄文，斥责朝廷“宦竖柄朝，垢蠹纪纲，指诸臣与中人赂遗交构状，铨贡失才“，提出“禁刺史殖财产，县令犯赃者族“。檄文所说，史称“皆当时极敝“。