魏晋南北朝时期也是一个长期的战乱年代，汉末的战乱，三国的纷争，西晋统一不久发生的“八王之乱“，西晋的灭亡与晋室的东迁，接下来北方十六国的混战，南方东晋王敦、桓玄等人的作乱，北方北齐、北魏、北周等朝代的一次次更迭带来的斗争，南方宋、齐、梁、陈几个朝代的更迭带来的争斗，以及梁末的侯景之乱，再加上东晋、南朝的北伐，北朝的南攻，在三百多年里，几乎没有多少安宁的时候。战乱和分裂，成为这个时期的特征。这与春秋战国时代相比有过之而无不及，但是，我们从这时期最显著的思想也就是玄学来看，不管是世界观还是人生观都是对先秦道家思想的发挥，没有摆脱掉老庄思想的影子，也就算不上独创。
别样地看待诠释人生的佛教，的确与先秦诸子百家的思想大相径庭。但这种外来宗教思想，更算不上中国本土思想的建树了。但佛教的普及速度和为人民接受的程度实在是其他思想所不及的，因此，在玄学佛教兴起的时代，儒家的正统地位一度受到挑战。
很多学者说，<a href=https://..vip/Tags_Nan/ target=_blank>唐朝</a>是思想平庸的盛世。没错，原因很简单，因为魏晋南北朝儒学的发展已经为唐代准备好了思想工具，李氏家族要做的就是整理和施行罢了，这才有了孔颖达编著的《五经正义》作为唐代国家思想，《五经正义》中的思想大多由汉晋大儒完成，尤其是郑玄的功劳最大。唐初与明初比较类似，国家在做的是执行前哲的思想。而佛学思潮在唐朝达到了鼎盛时期，道教被奉行为国教，儒学思想的地位受到威胁。此时，古文运动兴起，代表人就是韩愈，他排斥佛教思想，倡导恢复中国儒家思想的传统，其门人李翱在作品《复性书》中以《中庸》的理论为基础，提出“性善情恶“的人性论，认为只要加强道德修养，消除情欲的干扰，便可恢复人的本然之性，便可成为圣人。我们可以看到，儒学的发展越来越精微，但是这也是对于前哲的继承而已。大唐盛世，是一个和平年代，所以没有新思想诞生的土壤和机遇。
最值得我们再骄傲一番的，就是宋明（包括元清）理学的产生，其中对后世影响最深的一个派别就是程朱理学。其由北宋二程（程颢、程颐）兄弟开始创立，其间经过弟子杨时，再传罗从彦，三传李侗，到南宋朱熹完成。程朱理学在南宋后期开始为统治阶级所接受和推崇，经元到明清正式成为国家的统治思想。二程把“理“或“天理“视作哲学的最高范畴，认为理无所不在，不生不灭，不仅是世界的本原，也是社会生活的最高准则。在穷理方法上，程颢“主静“，强调“正心诚意“；程颐“主敬“，强调“格物致知“。在人性论上，二程主张“存天理，灭人欲“，并深入阐释这一观点使之更加系统化。二程学说的出现，标志着宋代理学思想体系的正式形成。
南宋的朱熹认为，太极是宇宙的根本和本体，太极本身包含了理与气，理在先，气在后。太极之理是一切理的综合，它至善至美，超越时空，是“万善“的道德标准。在人性论上，朱熹认为人有“天命之性“和“气质之性“，前者源于太极之理，是绝对的善；后者则有清浊之分，善恶之别。人们应该通过“居敬“、“穷理“来变化气质。朱熹还把理推及人类社会历史，认为“三纲五常“都是理的“流行“，人们应当“去人欲，存天理“，自觉遵守三纲五常的封建道德规范。朱熹学说的出现，标志着理学发展到了成熟的阶段，建立了一个完整而精致的客观唯心主义的思想体系。
宋元明清时期，历代统治者多将二程和朱熹的理学思想扶为官方统治思想，程朱理学也因此成为人们日常言行的是非标准和识理践履的主要内容。在南宋以后六百多年的历史进程中，程朱理学在促进人们的理论思维、教育人们知书识理、陶冶人们的情操、维护社会稳定、推动历史进步等方面，发挥了积极的作用。同时，它对中国封建社会后期的历史和文化发展，也有巨大的负面影响。不少人把程朱理学视为猎取功名的敲门砖，他们死抱一字一义的说教，致使理学发展越来越脱离实际，成为于世无补的空言，成为束缚人们手脚的教条，成为“以理杀人“的工具，从而反映出它的阶级和时代的局限性。
不难看出，程朱理学是以儒学为宗，吸收佛、道，将天理、仁政、人伦、人欲内在统一起来的学说，是儒学发展的重要阶段，适应了封建社会从前期向后期发展的转变，也是封建专制主义进一步增强的需要。程朱理学使儒学走向政治哲学化，为封建等级特权的统治提供了更为精细的理论指导，成为南宋之后的官学。
不可忽视的是，与程朱理学对垒的另一派新儒学，那就是王守仁心学，并与陆九渊的学说合称为“陆王心学“。程朱理学（又称“道学“）把抽象的“理“（儒家的伦理道德准则）看作宇宙万物的本原，主张“即物穷理“，“存天理，灭人欲“，属于客观唯心主义哲学范畴；陆王心学则将主观的“心“（人的意志和道德观念）视作宇宙万物的本原，主张“发明本心“、“致良知“，属于主观唯心主义哲学范畴。王守仁集来明心学之大成，他在全面继承和批判儒家人性论的基础上，着重对孟子“尽心“说和陆九渊“心即理“说进行了吸收和改造，创建了以注重内心（即人的主观能动性）为特色的新儒学——阳明心学，从而达到理学发展的高峰。