琅玡大族孙泰以五斗米道组织起义，被东晋政府诛杀，侄子孙恩逃到东海上。司马道子的儿子司马元显在八郡大量征兵，引起大规模骚动。孙恩便率领一百来人从上虞登陆，其部众很快发展到数万人，攻陷了会稽（今浙江绍兴），其他七郡也一同响应，东晋政府不得已遣出刘牢之的北府兵前往镇压。
孙恩听说刘牢之来攻打自己，对手下人说：“孤割据浙江，好歹也还能做个勾践。”谁知江东一带多年不打仗，那些跟着孙恩的民众都荒于作战，根本不是北府兵的对手。刘牢之很快就渡过浙江，向会稽杀来。孙恩留下一句有当年魏武帝遗风的“孤不羞走”，率领二十多万人退回海岛。孙恩又先后四次进入江东，但在最后一次登陆攻打临海时，不幸失利，投水自杀。孙恩的部下由他妹夫卢循率领，继续在江南沿海地区作战。
刘裕就在这一次次与孙恩卢循的战斗中成长起来，他从小亡母，家里很穷，认不得几个字，只能在集市上卖草鞋过活。刘牢之讨伐孙恩，他本来只是个参军。在一次侦察任务中，他与几十名部下遭到围攻，部下大多战死，而他却手执长刀，越战越勇，杀退上百敌人。刘牢之儿子刘敬宣前来支援，大获全胜。刘牢之欣赏刘裕是员勇将，让他守城，刘裕每逢战事，身先士卒，冲锋陷阵，毫不含糊，在北府兵中威名渐扬，只过短短三年就官至彭城内史。
东晋的时局一日不得安宁，最后的一点本钱，也被消耗无存。桓玄拒绝司马元显的节制，在元兴元年（公元402年）兴兵从江陵顺流东下，攻入建康，把司马道子、司马元显和刘牢之这些掌握东晋大权的人，全部杀光。
次年十二月，他废掉晋安帝，自立为帝，国号为楚。只过三个月，刘裕被众人推为盟主，带着北府兵南下，将桓玄击败，重新迎立晋安帝，这一次，东晋的大权就落到了刘裕的手中。
桓玄是军阀，刘裕也是军阀。谢安之后，醉生梦死的孝武帝、口不能言的安帝之流，八字再好，也只有听从军阀发号施令的份。刘裕比桓玄的高明之处，在于他并不急于称王、做皇帝，而是先把目光投到了扩充自身和消除异己之上，这一点或许与他贫苦的出身有关。他在义熙元年（公元405年）彻底摧毁桓氏的余党后，开始筹划北伐。慕容超在这个时候与东晋交兵，我不想说他是不识时务，可实际上大致如此。