因此我们今天看到《晋书·慕容超载记》近似于慕容超罪行的列表，便不足为奇了。我们从他称帝之前的行为可以看出，这个人很有些韬略。他单身逃到山东，在南燕无一点根基可言，却能战胜在朝中已有一定势力的慕容法、慕容钟等人，肯定不是孝敬一下慕容德就可以做到的——慕容德毕竟不是个傻子。慕容超不能使自己完全孤立，他很快有了亲信公孙五楼，这很正常。接着，他利用公孙五楼和慕容法等人之间的矛盾，在一年之内就一举消灭了慕容法的势力，慕容法和慕容钟分别投奔北魏和后秦。这件事一直被认为是造成南燕局势混乱的第一步，我却以为无可厚非，慕容超在这之后地位基本稳固，威望也大涨，事实上反而使南燕从慕容德死后的些许混乱中摆脱了出来。
不过我也无意帮慕容超说多少好话，他的政策和慕容德时期相似，处在安于自保的边缘，使南燕这样的小国难以维持长久。慕容超为了把母亲和妻子从后秦接回，和姚兴一番谈判，网罗了境内的一些乐伎，与姚兴进行交换。之后，慕容超不仅重新见到久别的母、妻，也与西边的后秦结成友国。但是，他却要为了补充乐伎的数量，出兵伐晋，在淮北地区抢掠一阵，把自己的自保局面给打破，又给了东晋一个借口（虽说没有这借口，刘裕那样的人也早晚会出兵）。他在太上五年（公元409年）遇到刘裕水陆大军的猛烈进攻，无力抵抗。
刘裕的发迹得拜谢桓温之子桓玄的称帝，而桓玄的称帝则源于东晋末年的混乱局面。
淝水之战侥幸的胜利，使谢安、谢玄集团势力一度强大，于是遭到了朝中其他人的排挤。谢安在淝水之战后去世，孝武帝的弟弟会稽王司马道子独揽了军政大权。孝武帝是个酒色之徒，司马道子更是如此，在朝中日益骄恣奢逸。孝武帝极不满，又提拔自己的心腹王恭、殷仲堪限制司马道子。
孝武帝在太元二十一年（公元396年）只因说了一句“你年纪大啦，该废掉了”的戏言，就被自己宠爱的张贵人用被子闷死。他的太子、古今第一弱智皇帝司马德宗继位，是为晋安帝。晋安帝自小就是个聋哑智障儿童，从来没有独立做过一件事，司马懿父子当年恶事做尽，却没想到百年之后自己的子孙竟成了这般模样。
司马道子乘着新帝登基，让心腹王国宝等人参掌朝权，排斥镇守在外的王恭和殷仲堪。京口的王恭和江陵的殷仲堪就在安帝隆安元年（公元397年）起兵，迫使司马道子杀了王国宝。
王恭得了便宜，于次年再次起兵，殷仲堪与桓玄一同响应。王恭所倚仗的北府兵将领刘牢之却临阵倒戈，将他杀死。在荆州，桓玄于隆安三年吞灭了殷仲堪的势力。桓玄和刘牢之分别控制了长江中游和长江下游北岸，东晋中央只剩下江东八郡的弹丸之地。这些地区的人民负担陡然加重，苦不堪言。